Магією та боротьбою наповнені дні гільдії чарівників «Хвоста Феї», яка виконує найрізноманітніші замовлення. Одного разу до гільдії надійшло таке замовлення: «хочу, щоб ви зловили ватажка банди грабіжників, Ґіса, який влаштував гніздо в одному портовому містечку». Передчуваючи високу винагороду, команда Нацу береться за це завдання. Однак, через допущену Люсі помилку, Гісу вдається втекти. Через провал завдання Люсі падає духом, а на зворотній дорозі зустрічає загадкову дівчину Еклер і гарненьку пташку Момона. З якоїсь невідомої причини Еклер втратила пам’ять, і єдине, що вона пам’ятає, це те, що їй неодмінно треба доставити кудись наявний у неї камінь фенікса. Еклер, котра ненавидить магію, і секрет, прихований у камені фенікса — ця зустріч зіштовхне Хвіст Феї з могутнім ворогом, зло почне ткати свою павутину навколо них…

2034 рік нашої ери. Минуло два роки, відтоді як Мотоко Кусанаґі залишила Дев’ятий відділ. Тоґуса отримав підвищення до тактичного лідера групи, штат якої значно збільшився. Новий розширений Дев’ятий відділ стикається з безліччю складних інцидентів, а розслідування показують, що за всією низкою подій стоїть ультра-майстерний хакер на ім’я «Ляльковик». Серед усього Бато, який тишком розслідував справу по іншому шляху, стикається з Мотоко. Вона йде геть після того, як каже: «Тримайся якомога далі від Суспільства спаяного стану». Бато залишається зі своїми сумнівами на думці. Чи може Мотоко бути Ляльковиком? Серія інтригуючих інцидентів, з якими стикається Дев’ятий відділ, поступово пов’язуються один з одним. Хто такий Ляльковик? Що буде з відносинами між Бато та Мотоко? Яка правда за цим ретельно спланованим досконалим злочином? І яким буде результат? Таємниці оточують Суспільства спаяного стану…