Поки зореліт «Ентерпрайз» прощається з Райкером, колишнім першим офіцером, а нині — капітаном, який отримав власний корабель і його дружиною Діаною Трой, на планеті «Коларус 3» виявляється тіло андроїда, ідентичного Дейті, якого вдається оживити. Сам «Ентерпрайз» спрямований в зону ромулан, де піддається нападу практично повного двійника Пікарда — Шінзона. Пікард викрадений, а Шінзон готує свою нову смертоносну зброю для знищення Землі. Знайденому андроїду Б-4 теж належить зіграти в цьому роль.

Мутанти продовжують боротьбу проти суспільства, яке їх лякає і якому вони не довіряють. Їхнє положення стає ще більш безвихідним, коли на президента нападає невідомий, що володіє екстраординарними здібностями. Раптовий напад знову стає причиною політичного й суспільного резонансу із приводу введення реєстрації мутантів і причиною утворення руху проти мутантів, очолюваного Вільямом Страйкером, колишнім військовим, який нібито проводив експерименти над мутантами.

Люди Ікс відправляють Росомаху в минуле, щоби змінити хід важливої історичної події, яка може глобально вплинути на співіснування людей і мутантів.