До рук майстра Сплінтера потрапляє стародавній артефакт – скіпетр, що відкриває прохід у просторі та часі. Не розуміючи достеменно як він працює, до середньовічної Японії потрапляє спочатку журналістка Ейпріл О’ніл, а потім і відчайдушні черепашки-мутанти. Втім, опинившись у епіцентрі битви, друзі губляться та втрачають магічний артефакт. Тепер четвірці мутантів та допитливій американській журналістці потрібно вижити в феодальній Японії та відшукати спосіб повернутись додому...