У світі Наруто непомітно промайнули два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених шинобі в ранзі тюнінів і джонінів. Головні герої не сиділи склавши руки - кожен став учнем одного з легендарних санінів - трьох великих ніндзя Конохи. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Джирайі, поступово сходячи на новий щабель бойової майстерності. Сакура висунулася в помічниці та довіреної особи цілительки Тсунаде - нового вождя Селища Листя. Ну а Саске, чия гординя призвела до вигнання з Конохи, приєднався до тимчасового союзу зі зловісним Орочімару, причому кожен вважає, що лише використовує іншого до певного часу. Короткий перепочинок закінчився, і події в черговий раз розгортаються з ураганною швидкістю. У Коносі знову проростає насіння старих чвар, посіяні першими хокаге. Таємничий лідер Акацукі привів у дію план набуття світового панування. Неспокійно у Селі Піску і сусідніх країнах, скрізь спливають старі таємниці, і стає зрозумілим, що таки доведеться за все розплачуватися. Довгоочікуване продовження манги вдихнуло нове життя в серіал і нову надію в серця незліченних фанатів!

Дія аніме відбувається у світі, що дуже схожий на середньовічну феодальну Японію. На території великої країни у потаємних місцях сховано кілька селищ, що воюють одне з одним. У цих селищах у ролі військових виступають спеціально навчені люди - ніндзя-шинобі. Вони являють собою окрему верству населення і дуже схожі на самураїв. Головний герой аніме - Наруто Узумакі - веселої вдачі хлопець з Селища, Прихованого у Листі. Коли він щойно народився, на це селище напав могутній девятихвостий демон-лис. Ціною страшних втрат демона вдалося перемогти, але його силу прийшлося запечатати всередині немовляти - Наруто. Наруто живе, навіть не підозрюючи про це. Але деякі люди, хто пережив ті страшні часи, знають цю таємницю і стороняться Наруто, вважаючи його уособленням демона, і побоюючись, що прийде час і жахливий девятихвостий лис звільниться на свободу. Не розуміючи причини, Наруто відчуває, що до нього ставляться не так, як до інших дітей. Це його, звичайно ж, не влаштовує. І він вирішує шляхом наполегливих тренувань стати найкращим з усіх ніндзя селища - хокаге, щоб усім довести, що він заслуговую на пошану. Тим часом Наруто і його друзі-однолітки щойно закінчили академію і одержали «посвідчення» у вигляді пов'язок. Зразу ж після закінчення герої потрапляють в безліч небезпечних ситуацій, знаходять друзів, зустрічають ворогів...