Дія аніме відбувається у світі, що дуже схожий на середньовічну феодальну Японію. На території великої країни у потаємних місцях сховано кілька селищ, що воюють одне з одним. У цих селищах у ролі військових виступають спеціально навчені люди - ніндзя-шинобі. Вони являють собою окрему верству населення і дуже схожі на самураїв. Головний герой аніме - Наруто Узумакі - веселої вдачі хлопець з Селища, Прихованого у Листі. Коли він щойно народився, на це селище напав могутній девятихвостий демон-лис. Ціною страшних втрат демона вдалося перемогти, але його силу прийшлося запечатати всередині немовляти - Наруто. Наруто живе, навіть не підозрюючи про це. Але деякі люди, хто пережив ті страшні часи, знають цю таємницю і стороняться Наруто, вважаючи його уособленням демона, і побоюючись, що прийде час і жахливий девятихвостий лис звільниться на свободу. Не розуміючи причини, Наруто відчуває, що до нього ставляться не так, як до інших дітей. Це його, звичайно ж, не влаштовує. І він вирішує шляхом наполегливих тренувань стати найкращим з усіх ніндзя селища - хокаге, щоб усім довести, що він заслуговую на пошану. Тим часом Наруто і його друзі-однолітки щойно закінчили академію і одержали «посвідчення» у вигляді пов'язок. Зразу ж після закінчення герої потрапляють в безліч небезпечних ситуацій, знаходять друзів, зустрічають ворогів...

Після довгих років занепаду, неврожаю та хвороб на своїй землі, феодал вирішує укласти договір із нечистою силою. Він зобов'язується віддати будь-що в обмін на сприятливі умови для себе та свого народу. Дванадцять демонів забирають частини тіла його новонародженого сина. Щоб дитина не страждала, її вирішують позбавити життя. Проте все складається так, що дитя виживає, відсутні частини тіла йому заміняють протезами і він вирушає на пошуки демонів, щоб повернути забране у себе. На цьому шляху він зустрічає хлопчика-сироту Дороро, що орудує дрібними крадіжками. Вони об'єднують свої зусилля, і разом вирушають у непросту, повну небезпек мандрівку.

Історія про Такаші Нацуме, хлопця, що здатен бачити йокаїв, який успадкував від своєї бабусі нотатник з іменами йокаїв, що зветься "Книга друзів".

Незграбна, мила та щира Хірасава Юі рада вступу до старшої школи. Настав час подорослішати, проявити себе, позбутися комплексів, знайти друзів і розкрити таланти. Юі ще невідомі її таланти. Водночас Тайнака Ріца з Міо Акіямою намагаюся зберегти спорожнілий «Клуб легкої музики».

У світі Наруто непомітно промайнули два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених шинобі в ранзі тюнінів і джонінів. Головні герої не сиділи склавши руки - кожен став учнем одного з легендарних санінів - трьох великих ніндзя Конохи. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Джирайі, поступово сходячи на новий щабель бойової майстерності. Сакура висунулася в помічниці та довіреної особи цілительки Тсунаде - нового вождя Селища Листя. Ну а Саске, чия гординя призвела до вигнання з Конохи, приєднався до тимчасового союзу зі зловісним Орочімару, причому кожен вважає, що лише використовує іншого до певного часу. Короткий перепочинок закінчився, і події в черговий раз розгортаються з ураганною швидкістю. У Коносі знову проростає насіння старих чвар, посіяні першими хокаге. Таємничий лідер Акацукі привів у дію план набуття світового панування. Неспокійно у Селі Піску і сусідніх країнах, скрізь спливають старі таємниці, і стає зрозумілим, що таки доведеться за все розплачуватися. Довгоочікуване продовження манги вдихнуло нове життя в серіал і нову надію в серця незліченних фанатів!

Ітадорі Юджі — хлопець з надзвичайною фізичною силою, хоча живе абсолютно звичайним життям у середній школі. Одного разу, щоб врятувати друзів від нападу Прокляття, він з’їдає палець Дволикого, беручи Прокляття на власну душу. Відтоді він ділиться тілом з Дволиким. Під керівництвом наймогутнішого з магів Ґоджьо Сатору, Ітадорі вступає до Токійської школи темних мистецтв — організації, яка бореться з прокляттями… і таким чином починається героїчна історія про хлопця, який сам став Прокляттям, щоб протистояти Прокляттям.

За особистою ініціативою підполковника Юкі восени 1937 року створено організацію під назвою «Агентство Д» у якості спеціального військового підрозділу. Ігноруючи ранги, форму та етикет, він вчить своїх підопічних бути непомітними та невидимими, вчить спеціалістів декількох мов, мистецтву зламу. Під вигаданими іменами його агенти виконують місії по всій Азії

Люґу — в минулому житті був чоловіком похилого віку, якого вважали найкращим у світі вбивцею. У зв’язку з його віком, було ухвалено остаточне рішення, що він може вийти на пенсію. Але літак, в якому він летів, був захоплений і навіть навички асасина не змогли врятувати його від смерті. Коли він помер, він потрапляє до богині, яка хоче переродити його, щоб запобігти руйнації світу мечів і магії. Прийнявши пропозицію богині, найкращий вбивця перероджується в новому світі як Люґу, в сім’ї аристократів, та дає урочисту клятву, що він проживе це життя повною мірою як людина, а не як інструмент для вбивства.

За особистою ініціативою підполковника Юкі восени 1937 року створено організацію під назвою «Агентство Д» у якості спеціального військового підрозділу. Ігноруючи ранги, форму та етикет, він вчить своїх підопічних бути непомітними та невидимими, вчить спеціалістів декількох мов, мистецтву зламу. Під вигаданими іменами його агенти виконують місії по всій Азії