Далеке майбутнє. Тисяча років минуло після знищення Землі гігантськими інопланетними монстрами під назвою Ґауна. Залишки людства переховуються на борту величезного корабля Сідонія, який був створений із частини планети. Головні захисники ковчега – Хранителі – бойові роботи з озброєнням, яке здатне знищити ворога. Танікадзе Наґате, який від народження жив у нижніх секторах Сідонії разом зі своїм дідом, кожного дня тренується на застарілих тренажерах, мріючи стати пілотом Хранителя. Коли закінчується їжа, Танікадзе змушений піднятися у верхні сектори, де його і хапають та відправляють на навчання пілотуванню Хранителем. Він разом з іншими пілотами вступає у вкрай небезпечну війну проти Ґауна та бореться за виживання людства.

Учені відкрили таємничу речовину, яка може безпосередньо взаємодіяти з людським мозком. Ця речовина, названа "Екзотична Матерія (XM)", існувала з найдавніших часів і впливала на людську свідомість і прогрес людства. Після цього відкриття розв'язалася битва між націями і гігантськими корпораціями. Організації по всьому світу розпочали таємну гонку для використання XM. Вона є як можливістю, так і загрозою для людства. Дві фракції прагнуть керувати XM. «Просвітлені» розглядають XM як подарунок, що збагачує людський досвід і сприяє відкриттям. «Опір» бачить XM як вороже захоплення людського розуму. XM і таємниця, прихована за нею, лежить в центрі цієї битви за долю людства.

В антиутопічному місті, де все зав’язано на корупції та зловживанні кіберімплантами, здібний вуличний хлопчина намагається стати найманим злочинцем — межовиком.

Коли ти сумнозвісний вундеркінд-кілер, відомий лише як «Фейбл», багато чого дається легко. Однак, бути нормальною людиною не входить в цей список, і, "завдання" нікого не вбити деякий час, та відпочити від роботи найманого вбивці, стає найважчою місією.