Джет Блек, колишній поліцейський, і Спайк Шпіґель, людина з темним минулим, абсолютно не планували збільшувати екіпаж Бібопа, свого космічного корабля, який є для них водночас і домівкою, і засобом пересування. Але сіті, розкинуті ними для вилову покидьків суспільства, принесли їм Фей Валентайн — чарівну картярку з колосальним боргом, Ед — загублену комп’ютерну розумницю, і Ейн, мабуть, найрозумнішого собаку на світі. Саме у такому складі екіпаж Бібопа і продовжує своє заняття — полювання за головами. Їхні пригоди носять комічний, філософський, а часом і трагічний характер.

Події D.Gray-man розгортаються в Європі 19 століття і розповідають про Тисячолітнього Графа, що будує плани зі знищення світу за допомогою створених ним Акума (демонів) - людиноподібних істот, що являють собою живі знаряддя зла і поєднують у собі душу померлої людини та механічне тіло. Борються з цим Графом екзорцисти, що входять до складу Темної Релігійної Організації (Чорного Ордена). Екзорцисти - це особливі люди, наділені зв'язком з Чистою Силою, божественною субстанцією, створеною багато століть назад для того, щоб боротися із створіннями Графа. Відомо, що Чиста Сила у вигляді 109 частин розкидана по світу. Як тільки частини Чистої Сили почнуть взаємодіяти з відповідною людиною, вона перетворюється на зброю для боротьби з Акума. Головною ж метою Тисячолітнього Графа є пошуки так званого Серця Чистої Сили. Це особлива форма Чистої Сили, яка забезпечує існування всіх інших 109 частин. Знищення Серця призведе до знищення решти частин. За цим Серцем полює Граф і сім'я Ноя.

У недалекому майбутньому людство розвинулось до стану, коли стала можлива повна трансплантація тіла з плоті до машини. Це дозволяє значно підвищити як фізичну, так і кібернетичну досконалість і розмити лінії між двома світами. Однак, злочинці також можуть повною мірою використовувати такі технології, що призводить до нових, і часом і дуже небезпечних, злочинів. У відповідь на такі інноваційні методи, уряд Японії створив Дев’ятий відділ — незалежний підрозділ поліції, який займається такими делікатними злочинами. Під керівництвом Дайсуке Арамакі та Мотоко Кусанаґі, Дев’ятий відділ розкриває подібні злочини по всьому соціальному спектру, як правило, успішно. Однак, зіткнувшись з новим хакером рівня A, який отримав прізвисько «Усміхнена людина», команда втягується в небезпечну гру в кішки-мишки, переслідуючи хакера, коли той залишає свої сліди на Японії.

Війни і катаклізми перетворили Землю на пустку. Лише руїни та уламки військової техніки зустрічаються на шляху. Технології старого світу зосереджені в руках дуже невеликої групи людей — шляхти. Звичайні люди виживають в містах, що ще залишилися. Але ніхто вже не вірить в майбутнє. Цивілізація поволі йде до занепаду. У легенді говориться, що коли наближатиметься кінець світу, вовки зможуть потрапити до вирію. Проте, жодного вовка ніхто вже не бачив протягом 200 років.