Порушивши головну заборону Алхімії і спробувавши воскресити маму, талановиті брати Елрікі заплатили високу ціну: молодший, Альфонс, втратив тіло, і тепер його душа прикріплена до сталевих обладунків, а старший, Едвард, позбувся руки і ноги, тому йому доводиться користуватися протезами - автобронею. Завдяки виявленим здібностям Ед отримав звання державного алхіміка і, таким чином, став частиною військової машини держави. Тепер у нього є шанс повернути Алу колишнє тіло. Попереду мандри і пригоди, розгадки страшних таємниць і нескінченні битви... У порівнянні з першою екранізацією, в оновленому «Сталевому алхіміку» дизайн персонажів став більш «дорослим». У цілому це більш динамічний твір. З першої ж серії героїв кидає у вир подій: різанина в Іштварі, боротьба відступників з Армією і фюрером Бредлі, гомункули і численні «натяки» на подальший розвиток історії. Майже повністю зберігся ансамбль сейю, і залишилися колишні характерні риси героїв, але тут вже інший склад епізодів, які грають ключову роль у формуванні образів і пояснюють суть того, що відбувається. Знову серйозну атмосферу розріджують жартівливі вставки, але скоротилися світлі моменти щасливого життя, тому серіал здається більш похмурим. Більше уваги приділено другорядним і третьорядним персонажам, особливо військовим. Що стосується сюжету, то основні теми залишилися незмінними: пошуки Філософського Каменя, розплата за скоєне, політика і підступні плани загадкових ворогів.

У центрі сюжету Іґараші Ґанта - 14-річний юнак, звинувачений в масовому вбивстві своїх однокласників та засуджений до смертної кари. Він потрапляє до 'Країни чудес смертників' - першої повністю приватної тюрми, яка є також парком розваг і живе за своїми законами. А закон там такий: хочеш вижити — заробляй касти, валюту за яку можна купити 'льодяник' із протиотрутою. Здавалося б усе скінчено для Ґанти, але він не бажає помирати, і натомість хоче помститися тому, хто насправді стоїть за всім цим.

Нішімура Хідекі, учень старшої школи, який грає в онлайн гру "Століття Легенд" під ім'ям Люціан дав обіцянку, що не буде одружуватися в грі. Справа в тому, що одного разу він був закоханий у дівчину з гри і хотів на ній одружитися, але ця дівчина в реальному світі виявилася хлопцем. Два роки по тому Хідекі знайомиться з дівчиною на ім'я Ако, яка так само є гравцем "Століття легенд", і знаходиться в тій же гільдії, що і він. Через деякий час вона освідчуєтсья йому в своїх почуттях і каже йому, що хоче вийти за нього заміж у грі. Хідекі спершу вірний своїй клятві, але потім все-таки погоджується. Одного разу голова гільдії, до складу якої входить Хідекі, пропонує провести оффлайн-зустріч, на що всі погоджуються. Прийшовши на зустріч, він був приголомшений, виявивши, що всі члени гільдії є дівчатами, причому всі вони відвідують ту ж школу, що і він сам.

Країни Осі й Союзники повертаються та готові до ще більшої кількості конфліктів, культурних фурорів та важливих подій, про які геть не згадували у школі або, чого правди таїти, так побіжно, що воно майже не запам'яталося. Цього разу будуть показані нові обличчя, на кшталт Португалії, Словаччини та Чехії, це певно буде найзірковіший сезон, поки що!

Головного героя звуть Каміджо Тоума. Живе він в учнівському містечку - «Академія Сіті». Спокійно собі живе, незважаючи на своє хронічне невезіння. Не вірить ні в науку, ні в магію. Але в один прекрасний момент на своєму балконі він знаходить дівчину в дивакуватому чернечому одязі та з не менш дивним ім'ям - Індекс. Виявляється, що в її голові укладено 103 тисячі заборонених апокрифів, тобто магічних книг. Це знайомство занурює Каміджо у вир абсолютно шалених пригод. За Індексом полюють маги, а наш Тоума зобов'язаний її захистити...